淡水养殖水体中常见的毒藻种有鱼腥藻，颤藻，念珠藻，等，这些常见的蓝藻能产生神经毒素和肝毒素。藻毒素是细胞内毒素，在细胞内合成，细胞破裂后释放出来才表现出毒性。也就是说：只有藻细胞死亡并溶解后，藻毒素才会释放到周围的环境中。
藻毒素的应对主要是：蓝藻等有害藻泛滥时，慎用杀藻和消毒的方法在水体里**有害藻，避免养殖水体的有害藻毒素浓度忽然升高。尽可能调整水体的理化条件，让球藻等无害的藻慢慢占优势，同时在这个藻转变过程中让浓度不高的藻毒素靠水体的自净能力通过氧化和光催化氧化消除。目前用有机酸、大苏打、络合剂等可能不能够比较确切破坏水体里的大量藻毒素。
