一、内在因素
内在因素主要指养殖鱼类本身的健康水平和对疾病的抵抗力。内在因素包括遗传品质、鱼体免疫抵抗力、生理状况、营养水平以及年龄等方面。
(一)遗传品质
1.遗传特性
养殖品种或者群体对某种疾病或病原有先天性的可遗传的敏感性，导致鱼体极易发生此种疾病。例如鱼类的病毒性疾病，只感染某种特定的鱼或遗传特性相近的鱼，是因为该品种本身有病毒敏感的细胞受体所致。
2.品种杂交
鱼类是比较适合通过杂交手段开展育种研究的良好材料，种属内品系的杂交可导致某些基因在新品种中纯合度提高，致病基因从隐性转变为显性，导致新品种抗病力下降，使鱼体容易感染疾病。
3.亲本资源退化
由于人工繁殖长期不更新亲本和近亲繁殖，导致鱼种亲本资源退化，抗病力下降，使鱼体容易感染疾病。
(二)免疫力
1.体质原因
个体或者群体的体质差，免疫力低下，对各种病原体的抵御能力下降，极易感染各种病原而发病。
2.机能缺失
个体或者群体的某些器官机能缺失，免疫应答反应水平低下，对各种病原体的抵御能力下降，极易感染各种病原而发病。
(三)生理状态
1.特殊生长状态
某些个体或者群体处于某些特殊的生长状态(如虾蟹类的蜕壳生长阶段)，防御能力低下，易遭受病原侵袭。
2.生理状态差
某些个体或者群体由于生理状态不好，应激反应强烈，易发生疾病。
(四)年龄
1.幼鱼阶段
个体或者群体处于稚鱼、幼鱼或鱼种生长阶段，其免疫器官没发育完全或免疫保护机制尚未完全建立，导致鱼体免疫力低下，容易发生各种疾病。
2.退化阶段
个体或者群体处于老化阶段，其免疫器官退化，鱼体代谢机能下降，导致鱼体免疫力下降，容易感染疾病。
(五)营养条件
1.营养不足
由于饵料不足，鱼体营养不够，代谢失调，体质弱，易导致疾病发生。
2.营养失衡
由于营养各成份不全面或不均衡，直接导致各种营养性疾病的发生，如瘦脊病、塌鳃病、脂肪肝等。
二、外在因素
引起鱼类生病的外界因素很多，基本上可以概括为生物、理化和人为三大因素。
(一) 生物因素
一般常见的鱼病，多数是由各种生物传染或侵袭鱼体而致病，如病毒、细菌、真菌、藻类、原生动物、蠕虫、蛭类、钩介幼虫、甲壳动物等，还有一些是各种敌害生物，如凶猛鱼类、鸥鸟、水蛇、水生昆虫、青苔、水网藻等的存在对各种养殖鱼类都有危害。
(二) 理化因素
理化因素对养殖鱼类的影响极大。水是养殖鱼类的生活空间和生存介质，一切外界因素和环境条件都是通过水的作用对养殖鱼类产生影响，因此水的理化指标直接影响养殖鱼类的代谢、生长和繁殖。在养殖鱼类中最重要的理化因素是水温、酸碱度和溶解氧。
1. 水温
不同的鱼类对温度的要求不同，同种鱼在不同生长阶段对水温也有不同的要求。水温的变化对养殖鱼类的影响是很大的，特别是水温突变对幼鱼的影响更为严重，初孵出的鱼苗只能适应±2℃以内的温差，6厘米左右的小鱼种能适应±5℃以内的温差，超过这个范围就会发病。另外水温的变化与病害发生直接相关。在水生生物生活的临界温度下，生物处于应激状态，免疫力下降；温度的迅速变化将会导致新陈代谢速度的改变、渗透压调节和免疫系统功能低下等问题，更严重的会导致水生动物体内各种酶的失活，从而引起鱼类的死亡；水温的骤变会直接引起养殖水生生物的休克、痉挛乃至死亡；水温升高，病害的繁殖和传播能力提高，有机质的分解速度加快，水体溶解氧下降，疾病发生率上升等。
2. 酸碱度(pH)
pH值是反映水质状况的一个综合指标，如pH值升高说明水中浮游植物光合作用强，水中溶解氧增多；pH值下降是水质变坏、溶解氧降低的表现。pH值变化又是引起化学成分变化的一个主要因素，如pH值降低可使有毒的硫化氢增加，亚硝酸盐毒性增加；pH值过高又会使有毒的氨氮增加。鱼类对水体的酸碱度有较大的适应性，以pH 7.0～8.5为最适宜，pH值低于5.0或超过9.5均会引起鱼类死亡。
3. 溶解氧(DO)
溶氧不仅是保证鱼类正常生理功能和健康生长的必需物质，又是改良水质和底质的必需物质，在鱼类养殖的全过程中都必需保持水中有充足的溶解氧。因此水中溶氧量的多少关系到鱼类的生长和生存。水中DO的含量需控制在4毫克/升以上(针对养殖池塘底层而言，上层水至少需达到8毫克/升以上)，如果水中溶氧偏低甚至缺氧，将会对鱼类产生许多不利因素。如果水中溶解氧含量低于2毫克/升时，鱼类会因缺氧而浮头，长期浮头会引起鱼类下颌的畸变，严重时则表现为鱼类食欲不振，生长缓慢，抵抗力下降，当溶解氧低于1毫克/升时，就会严重浮头，甚至窒息死亡，同时严重缺氧还会引起水中各种生物死亡，池塘迅速缺氧能引起水中化学成分的剧烈变化，引起“水变”，造成鱼类抗病力降低；长期缺氧还会造成水体中好氧微生物减少，引起氨、亚硝酸盐、硫化氢等有害物质积累，引起鱼类慢性中毒；缺氧能引起水体中厌氧及兼性厌氧菌(如嗜水气单胞菌)的增多，而嗜水气单胞菌是鱼类常见致病菌，易引起养殖鱼类发生细菌性败血症；缺氧还能引起水体中碳酸盐、磷酸盐及有机物缓冲能力的降低，水体不易稳定。
(三)人为因素
1.饲养管理
(1)饵料质量与投喂：投喂饲料的数量或饲料中所含的营养成分不能满足养殖鱼类维持生活的最低需要时，生长往往缓慢或停止，身体瘦弱，抗病力降低，严重时就会出现明显的疾病症状甚至死亡。营养成分中容易发生问题的是缺乏维生素、矿物质、氨基酸。其中最容易缺乏的是维生素和必需氨基酸。
腐败变质的饲料也是致病的重要因素。劣质饲料不仅无法提供鱼体生长和维护健康所需要的营养，而且还会导致鱼体抗病力下降而易受病原生物的感染，导致疾病的发生。
投喂饲料没有采用定时、定量、定质、定位的原则，不仅影响养殖鱼类的正常摄食与健康生长，而且会引起鱼体抵抗力下降，易受病原生物感染而暴发疾病。
(2)养殖密度：放养密度过大，超过水体养殖容量，水体中溶氧缺乏，水质变化剧烈，可导致鱼体营养不良，生长较差，体质减弱，容易发生各种疾病。
(3)混养比例：混养比例不合理，水体浮游生物种群发生变化，水质容易恶化，且易造成饵料利用不足，鱼类营养不良，体质变弱，容易发生和流行各种鱼病。
